Suzumiya Haruhi no Yuutsu, cioè "La malinconia di Haruhi Suzumiya", parla delle vicende che riguardano uno strano club fondato da un altrettanto strana ragazza, Haruhi Suzumiya.
Il club da lei fondato si chiama SOS DAN ( che sta per "Sekai wo Ooini Moriagerutame no Suzumiya Haruhi no Dan" ossia "Salvare il mondo riempendolo di allegria grazie alla Brigata di Haruhi Suzumiya") e si propone di ricercare tutto ciò che è paranormale per rendere più eccitante il mondo. La storia è narrata dal punto di vista di Kyon, un comune ragazzo giapponese che diventa l'unica persona a parlare con Haruhi.
Quest'ultima, infatti, non aveva dimostrato alcun interesse nei confronti dei suoi compagni di scuola e aveva abbandonato tutti i club nei quali era stata invitata a partecipare perché la annoiavano.
E' proprio Kyon a spingere involontariamente Haruhi a fondare l'SOS DAN ed è costretto a prendervi parte. Ai due si uniscono Yuki Nagato, una ragazza silenziosa coinvolta senza volerlo, e Mikuru Asahina, una ragazza molto timida reclutata da Haruhi per il suo bell'aspetto.
Quello che Haruhi non sa è che entrambe non sono semplici esseri umani: Yuki, infatti, è un umano artificiale creato da un'associazione extraterrestre mentre Mikuru è una viaggiatrice del tempo. In seguito si unisce alla brigata un nuovo studente, Itsuki Koizumi, sempre sorridente che in realtà è un esper.
I tre rivelano la propria identità solo a Kyon che scopre che questi hanno il compito di sorvegliare Haruhi ed impedire che si annoi.
Infatti, questo potrebbe determinare la fine del mondo...